Después de casi un año, en diciembre de 1540, la expedición llegó al valle del río Mapocho, primer destino de la conquista. Las condiciones del terreno, el clima, la abundante población, se prestaban para establecer una ciudad, que con el tiempo se convertiría en la capital de nuestro país.

El 12 de febrero de 1541, Valdivia fundó Santiago del Nuevo Extremo en una especie de isla formada por los dos brazos del río Mapocho, a los pies del cerro Huelén -al que los españoles llamaron de Santa Lucía-. Escogió este lugar porque el río y el cerro eran protecciones naturales en caso de algún ataque.

Solo unas semanas después, el 7 de marzo, Valdivia instaló el Cabildo -similar a las actuales municipalidades-, compuesto por dos alcaldes y seis regidores, que tomaban las decisiones para administrar la ciudad; un procurador, que recibía los deseos y reclamos de los vecinos; un mayordomo, que manejaba los fondos; un alguacil mayor, jefe de la policía y alcaide de la cárcel; un fiel ejecutor, que vigilaba que se respetaran los precios establecidos; y otros funcionarios menores. Los primeros alcaldes de Santiago fueron Francisco de Aguirre y Juan de �valos Jufré.

Los soldados más destacados recibieron el título de cabildantes, especie de jueces encargados de administrar justicia. En junio de 1541, el Cabildo llamó a todos los vecinos a una asamblea, al saber de la posible muerte de Pizarro a manos de los almagristas y temiendo la pérdida de las encomiendas otorgadas por Valdivia. Lo nombraron Gobernador y Capitán General de Chile en nombre de Su Majestad y por la voluntad del pueblo. Al día siguiente, Valdivia agradeció a sus compañeros, repartiéndoles tierras (mercedes) e indios (encomiendas).