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FOTO: En el grabado, tres de los primeros gobernadores de Chile, de izquierda a derecha: García de Mendoza, Pedro de Villagra y Rodrigo de Quiroga

La guerra de Arauco duró décadas. Alonso de Ercilla y Zúñiga (1533-1594), soldado y poeta llegado a Chile en ese tiempo, escribió sobre ella el poema épico La Araucana, en el que además de extender este nombre para denominar a los mapuches, refirió la gesta de éstos y especialmente de sus dirigentes, elevados a categoría heroica por las cualidades que les atribuye. La situación bélica no cesó en el transcurso de los noventa años siguientes, constituyendo el principal frente de guerra con el que se toparon los españoles en América, hasta el extremo de ser calificado con razón por algunos cronistas, como Diego de Rosales, de «Flandes indiano».

Francisco de Villagra tomó a su mando la campaña contra los mapuches, pero a su vez sufrió la derrota de Mareguano (26 febrero 1554). El cabildo de Santiago, ignorando el testamento de Valdivia, designó capitán general y justicia mayor a Rodrigo de Quiroga. El temor se extendió entre los pobladores españoles, que abandonaron de inmediato las ciudades de Villarrica y Concepción, y dejaron aisladas las ciudades más meridionales. Concepción fue saqueada y destruida. Santiago quedó amenazada.

Si en el terreno militar no se obtenían victorias consistentes, la táctica de destruir las sementeras mapuches produciría en dos años una gran hambruna en las filas enemigas. En 1555 una epidemia de tifus ocasionó una mortandad catastrófica y redujo de manera considerable el número de araucanos en armas. El 1 de abril de 1557 Francisco de Villagra sorprendió a Lautaro en Peteroa y, auxiliado por picunches, derrotó a su adversario y le dio muerte. Su cabeza fue llevada a Santiago y expuesta en la picota.