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El clero regular pronto adquirió más relevancia que el secular y eso también se tradujo en la diferencia de patrimonio. Los conventos de religiosos y religiosas pronto tuvieron un carácter monumental. Sólo en Santiago llegaron a contarse doscientos religiosos a mediados del siglo XVII. Debe tenerse en cuenta que a la Corona le resultaba más sencillo autorizar el «pase a América» a una orden religiosa en la que existía una disciplina interna que hacerlo a cada uno de los sacerdotes, cuyo control se hacía más difícil. Estaba además el problema de las nuevas ordenaciones y el reclutamiento de misioneros, pues aunque se creó un seminario en Concepción, al excluirse a los mestizos de la vida religiosa prácticamente hasta el siglo XVIII, no era fácil disponer de suficientes vocaciones que atendieran las necesidades espirituales de los cristianos y se encargaran de la evangelización entre los indígenas. Las órdenes tenían a su favor que se nutrían haciendo proselitismo en España con destino a las lejanas tierras del Pacífico.

Dominicos y franciscanos comenzaron a realizar una labor misionera cerca de los pueblos indígenas, procurando emplear la persuasión para atraérselos, aunque tampoco faltaban clérigos encomenderos dedicados a hacer fortuna.

Los franciscanos fueron los primeros en llegar a Chile; en 1553 se instalaban los cinco primeros religiosos y en 1565 se creaba la provincia franciscana chilena, independiente de la del Perú, lo que confirmaba el auge que experimentaron en la región. Además de estas órdenes, en Chile estaban establecidos los agustinos, los mercedarios y los jesuitas, estos últimos con gran ascendencia.

Los jesuitas, gracias a la influencia del padre Luis de Valdivia y de la opción transitoria por la guerra defensiva, consiguieron extenderse en la región araucana. Después de 1612 crearon las misiones de Concepción, Arauco, Boroa y Ranquelhue, entre otras. La rebelión de 1654 señaló su retroceso, pero poco después establecieron una nueva misión en el fuerte de Purén.

En junio de 1561 se estableció la diócesis de Santiago. El bachiller Rodrigo González de Marmolejo fue su primer obispo. Se trataba de un antiguo dominico mudado a capellán que había acompañado a Valdivia en la Conquista. Hasta entonces, Chile había pertenecido a la diócesis de Cuzco y Charcas.

González de Marmolejo trató de zanjar las disputas sobre la legitimidad de la guerra de Arauco, cuestionada por algunos predicadores sensibles ante la forma de relacionarse con los nativos. Una junta de teólogos dictaminó que la guerra era justa «y aun podía ser obligatoria» en el caso de que los indígenas dejaran de obedecer al gobernador, invadieran tierras de cristianos o impidieran el culto a los indígenas conversos.