• García Hurtado de Mendoza. 1557-1561:

Contando con una hueste de más de 440 personas y abundantes recursos materiales desembarcó en 1557 en la isla Quiriquina, pasó al continente y resistió con éxito el ataque de los indígenas comandados por Caupolicán, tuvo éxito en Lagunillas y avanzó más tarde hacia el sur hasta seno de Reloncaví, desde donde envió hombres a explorar la isla de Chiloé, entre éstos viajaba el poeta Alonso de Ercilla que empezaba a componer su famoso poema épico, La Araucana. García Hurtado de Mendoza, en consecuencia, repobló fuertes, fundó ciudades(Osorno, Cañete), envió a explorar el Estrecho de Magallanes a Ladrillero a quien acompañó F. Cortés que ya había viajado antes con Ulloa, y terminó con las rivalidades entre los principales caudillos españoles haciendo que Francisco de Aguirre y Francisco de Villagra fueran desterrados al Perú.

En su gobierno el Licenciado Hernando de Santillán impuso en Chile la Tasa que lleva su nombre, y que pretendía regular el trabajo de los indios de encomienda en un momento en que la situación de abuso de los encomenderos había llegado a un punto crítico. La Tasa disponía limitaciones en las edades de trabajo de los indígenas, la mita o trabajo por turnos y el sesmo de oro que consistía en la sexta parte del oro extraído que debía ser para el indígena que trabajara en su obtención. El 1561 G. Hurtado de Mendoza abandonó el país para ser reemplazado por Francisco de Villagra a quien el Rey había nombrado a modo de reparar el daño causado al viejo conquistador. Más tarde García Hurtado sería enjuiciado y condenado a diversas penas que no cumplió porque gracias a sus amistades hizo pesar en la corte los servicios prestados al rey. Más tarde sería, como su padre, virrey del Perú.

• Francisco de Villagra 1561-1562:

En su breve gobernación se vive una relativa paz con los indígenas, pero pierde a su hijo en la guerra de Arauco, golpe que según dicen las crónicas no pudo soportar. Los mayores problemas los tuvo al querer implantar la Tasa de Santillán que incluso debió reformar y junto a ello un ejército indisciplinado y un agravamiento de las contiendas entre los beneficiados seguidores de don García y los viejos conquistadores a quienes Villagra devuelve muchas encomiendas que les habían sido arrebatadas.

• Pedro de Villagra 1563-1565:

Primo del anterior, tuvo algunos éxitos militares con los indígenas, pero tan malas relaciones con los habitantes de Santiago que éstos terminaron por deponerlo y nombrar en su lugar al también viejo conquistador, Rodrigo de Quiroga.

• Rodrigo de Quiroga 1565-1567:

Nombrado en forma interina, goza de la amistad de los vecinos de Santiago, procede a la abolición de la ordenanza de trabajo de Villagra, se dedica a explorar el sur y uno de sus capitanes Martín Ruiz de Gamboa funda la ciudad de Castro en Chiloé. Destaca en este tiempo la figura militar de Lorenzo Bernal del Mercado en las luchas contra los naturales.

• La Real Audiencia en el poder.1567 –1568 y Gobierno del Presidente de la Audiencia don Melchor Bravo de Saravia.1568-1575

Creado en concepción este organismo ejerció funciones de gobierno y de justicia, Estaba formado por cuatro oidores y su presidente don Melchor Bravo de Saravia que asumió más tarde personalmente el mando. Los fracasos militares, los problemas derivados del terremoto que destruyó Concepción en 1570 y los desencuentros con el Obispo San Miguel de La Imperial provocaron la renuncia del gobernador y su reemplazo por don Rodrigo de Quiroga quien por segunda vez asumía el alto cargo. (La Real Audiencia en Chile fue creada en Concepción en 1565 y suprimida en 1575, luego fue restablecida en 1606 e instalada en Santiago a partir de 1609 constituyéndose en Audiencia pretorial, es decir presidida por el Presidente-Gobernador).

• Rodrigo de Quiroga 1575-1580:

No tuvo suerte esta vez. Los problemas con los seguidores de San Miguel que exigía un mejor trato a los Indígenas, la rebelión Indígena dirigida por el mestizo Alonso Días, el terremoto de 1575 que destruyo La Imperial, Villarrica, Valdivia, Osorno y Castro y las incursiones de Francis Drake en 1578 quien saqueó Valparaíso, complicaron en forma seria su acción gubernativa.

• Martín Ruiz de Gamboa.1580:

Yerno de Quiroga, fundó en su tiempo la ciudad de San Bartolomé de Chillán y en el Estrecho, Pedro Sarmiento de Gamboa fundó Nombre de Jesús y Rey don Felipe . Es el autor de la conocida
Tasa de Gamboa, que suprimía el servicio personal e imponía un único tributo anual de 8 pesos. Tal situación altamente inconveniente para los intereses de los encomenderos, a quienes les interesaba la mano de obra, lo llevó a tener entre ellos a grandes adversarios.

• Alonso de Sotomayor.1583-1592:

Es un eficiente militar que enfrenta la guerra de Arauco, suprime la Tasa de Gamboa volviéndose a la de Santillán y debe enfrentar la amenazas de nuevos corsarios en el sur encabezados por Tomás Cavendish (1587).
Rodrigo de Quiroga

Martín García Oñez de Loyola.1592-1598.

Sobrino de San Ignacio de Loyola, vivió una gobernación muy accidentada; en esos tiempos por ejemplo, Richard Hawkins, atacó Valparaíso apoderándose de varios barcos uno de los cuales venía con refuerzos desde el Perú. El Gobernador solicitó reiteradamente refuerzos los que demoraron en llegar, de tal modo que la situación en Chile se volvió desesperada. Puso en libertad a indígenas rebeldes lo que se percibió como signo de debilidad. En Curalaba, a orillas del río Lumaco entre La Imperial y Angol el cacique Pelantaro atacó al gobernador y le dio muerte junto a 48 de los 50 soldados que le acompañaban. Curalaba, verdadero desastre para el español dejó en evidencia las deficiencias del ejército vecinal, produjo el término de la economía del oro, la destrucción de las ciudades al sur del Biobío y la necesidad de evaluar por parte de los españoles toda la conducción de la conquista en términos militares junto con la adopción de las actividades ganaderas y agrícolas en la zona que se podía considerar más pacificada, es decir de Biobío al norte.

La importancia de este hecho hace que se considere con él terminada la Conquista e iniciado el período de la Colonia