En la segunda mitad de la década de 1830, Chile enfrentó la mayor amenaza a su integridad desde que había alcanzado la independencia. En 1836, Andrés Santa Cruz, presidente de Bolivia formó una alianza con Perú, la Confederación Perú- Boliviana, convirtiéndose en su protector, con la autoridad máxima sobre ambos países. Chile se vio enfrentado así a un vecino poderoso con anhelos expansionistas, que se proponía la anexión de Ecuador y parte de Argentina y Chile. Por otra parte, las relaciones entre Chile y Perú estaban deterioradas; las causas eran variadas:

• La contribución de Chile a la Independencia del Perú, que financió la expedición Libertadora, gastos que ese país no estaba dispuesto a pagar.

• La rivalidad comercial entre Valparaíso y el Callao, por el control del comercio marítimo en el Pacífico.

• La guerra aduanera, que comenzó con el impuesto excesivo con que el Perú gravó el trigo chileno.

Nadie como Diego Portales, vio en Chile con mayor claridad la amenaza que representaba la Confederación; en carta dirigida a Blanco Encalada le plantea: “La Confederación debe desaparecer para siempre jamás del escenario de América....”. Santa Cruz alentó una fracasada expedición del general Freire, que se proponía derrocar al gobierno chileno y que fue organizada en territorio peruano; esto puso en evidencia la intención de Santa Cruz de intervenir en los asuntos internos de Chile, lo que decidió a Portales a actuar con prontitud. Fue así como despachó una expedición al mando de Victorino Garrido, que se apoderó de tres buques peruanos. El gobierno chileno envió al Perú a Mariano Egaña, para plantear un ultimátum, entre cuyos puntos se contaba la disolución de la Confederación: la negativa de Santa Cruz, provocó la declaración de guerra por parte de Chile en noviembre de 1836. En junio de 1837 el ministro Portales se dirigió a Quillota para revistar las tropas que se preparaban allí. Súbitamente fue rodeado por los amotinados, acaudillados por el coronel José Antonio Vidaurre, fue cargado de grillos y puesto en un pequeño birlocho; los insurrectos se dirigieron al pueblo donde fueron repelidos por la guarnición del puerto de Valparaíso. En la mañana del 6 de junio de 1837, comenzó el combate en el cerro Barón. Al oírse los primeros disparos, el oficial Santiago Florín que estaba a cargo, le disparó, y Portales falleció.

B) Los episodios más importantes de la Guerra:

• La expedición del Almirante Manuel Blanco Encalada: La primera expedición, comandada por el almirante Manual Blanco Encalada, fue un fracaso. Viéndose sitiado por fuerzas muy superiores se vio obligado a firmar el Tratado de Paucarpata. Entre las cláusulas principales se reconocía la existencia de la Confederación y se devolverían los barcos apresados; a cambio Santa Cruz aceptaba la existencia del empréstito contraído con Chile. El tratado fue rechazado por Chile por ser lesivo para los intereses y la dignidad del país.

• La expedición del general Manuel Bulnes: La segunda expedición al mando del general Manuel Bulnes, partió en 1838. Numerosos emigrados peruanos se incorporaron al ejército, entre ellos Agustín Gamarra, depuesto por Santa Cruz. Bulnes venció a las tropas confederadas en varios combates, hasta que el 20 de enero de 1839, a orillas del río Santa, cerca de Yungay, se libró la batalla decisiva, en que las tropas de Santa Cruz fueron totalmente vencidas; la Confederación fue disuelta y la paz nacional se consolidó. El triunfo permitió el nacimiento de una política conciliadora que llevó a la dictación de la Ley de amnistía que entre otras cosas autorizaba el retorno al país de Bernardo O Higgins y la reposición de los grados militares a los vencidos en Lircay.