Durante los primeros años, la principal ocupación de este gobierno fue la resolución de la Guerra del Pacífico, aunque paralelamente se terminó de pacificar la Araucanía –descrita más adelante–.

En 1882 se celebraron elecciones parlamentarias, en las que la intervención fue tal que el sector opositor, en especial el partido conservador, no consiguió ningún parlamentario.

Bajo esta presidencia se concretaron las reformas laicas que se venían debatiendo desde el gobierno de Errázuriz. La religión católica había dejado de ser la única, con el aumento de los practicantes del protestantismo debido al incremento de los inmigrantes. Además, se había expandido el pensamiento liberal.

Aprovechando estos antecedentes y el quiebre de las relaciones con el Vaticano (ver recuadro en La Crisis del poder liberal), y pese a la oposición de los católicos y en especial del Partido Conservador, Santa María envió al Congreso e hizo aprobar las siguientes leyes:

>> Cementerios laicos (1883)

Todas las personas, sin importar su credo, debían ser sepultadas en los cementerios del Estado. Ante las protestas del clero y las familias católicas, se dictó un decreto que prohibía la sepultación en los cementerios particulares y en las iglesias –práctica que se había empezado a retomar, como en los tiempos coloniales.

>> Matrimonio civil (1884)

La Iglesia perdió la facultad de regular la constitución de las familias, facultad que quedó en manos del Estado.

>> Registro Civil (1884)

Se creó para llevar la cuenta oficial de los nacimientos, matrimonios y defunciones. Esta función también estaba en manos de la Iglesia.

Además, se realizaron algunas reformas de índole político:

>> Veto presidencial (1882)

Toda reforma constitucional vetada por el presidente podía promulgarse si contaba con la aprobación de dos tercios de cada cámara.

>> Régimen interior

Disminuyeron las atribuciones de intendentes y gobernadores.

>> Reforma electoral (1884)

Se extendió el derecho a sufragio a todos los varones chilenos de 25 años, que supieran leer y escribir, sin consideración de su renta. La edad se redujo a 21 años para los casados.

En cuanto a las obras públicas y sociales, se terminó la Casa de Huérfanos de Providencia, el hospital de San Agustín de Valparaíso. Además, se entregaron fondos para construir los hospitales de Combarbalá, Rancagua, Lontué, Cauquenes, San Carlos, Cañete y Osorno. También se lograron adelantos y ampliaciones en los ferrocarriles y el servicio de correo. Se construyeron varios puentes; el más importante fue el del río Maule, ubicado junto al de fierro que se construyó para los ferrocarriles. Se incrementó la marina mercante y se instalaron los primeros teléfonos y líneas de larga distancia.

En 1885 hubo nuevas elecciones parlamentarias, donde la intervención y el fraude electoral fueron aún más manifiestos. Esto, junto con las controversias morales, generaron un ambiente muy conflictivo y dividido al término del gobierno de Santa María.