Antes de la llegada del hombre blanco, lo que iba a ser Aisén con el tiempo estuvo ocupado por los indígenas, representados por dos grandes grupos diferentes. En la parte continental los Tehuelches, en el litoral los Alacalufes.
Los Tehuelches fueron cazadores pedestres hasta la llegada de los españoles que con la introducción del caballo, se convirtieron pronto en ecuestres resultando eximios jinetes.
Eran nómadas y obtenían su alimento de guanacos, ñandúes, pumas, huemules y otros animales que cazaban empleando arcos, flechas y boleadoras.
Se daban a sí mismo el nombre de Tzónecas, que en su idioma significa hombre, gente.
Los Alacalufes que se llamaban a sí mismo Keweshor, eran más bajos que los Tehuelches, robustos de tórax y de abdomen, de piernas cortas y delgadas, siendo su actividad marítima sobre todo.Usaban unas cabañas muy primitivas de cuero de lobo, eran carnívoros y entre sus preferencias estaban la foca y la ballena.
Por las evidencias existentes, no se produjeron contactos bélicos entre los pueblos indígenas de la Tehuelches y los Alacalufes ni por un afán de conquistar ni por interés comercial.
No obstante y según los decires del Padre García, en caso de haberse producido, la única posibilidad pudo haberse dado en la zona de la actual provincia Capitán Prat, a través de los ríos Chacabuco, Baker y Cochrane, pues "Los Tehuelches pueden haber llegado (al estero Baker) en persecución de los huemules que abundaban en esa región".
Alrededor del año 1914 surge como muelle de la empresa ganadera SIA, para barcos de grandes dimensiones, y se comienza a organizar un poblado en la década del 20 designándose municipio en 1928 y siendo en la actualidad cabecera del territorio insular.
La erosión producida por los incendios y el arrastre de las aguas hacia los canales, ambos hechos producto de la actividad de los colonos que pretendían habilitar praderas para el ganado, redujo el potencial del puerto, siendo actualmente para barcos de pesca y goletas.
Algunos historiadores consideran a Hernando de Magallanes como descubridor de Aisén, comarca que para los españoles era llamada Provincia de la Trapananda, tierras que visualizó tras cruzar el Estrecho, el 1º de diciembre de 1520, desde su buque, divisando un litoral quebrado y de elevados cerros que llamó "Tierras de Diciembre".
Posteriormente Pedro de Valdivia envía la expedición de Francisco de Ulloa(1553), quien logra llegar a la Península de Taitao, convirtiéndose en el primer navegante que toca estas tierras.
Los años 1766/67 resultan ser de enorme provecho para Trapananda en cuanto a descubrimientos.Ya que padre José García Alsué, realiza una misión exploratoria desde Palena al sur, reconociendo en su recorrido los canales Jacaf y Puyuhuapi, internándose por el río y recorriendo parte del valle Queulat, todo este esfuerzo trás la Ciudad de los Césares. En los mapas que realiza dibuja por primera vez el fiordo del río Aisén, denominándolo de "Los Desamparados".
Llega hasta el Golfo de Penas pasando por el Istmo de Ofqui.
De 1782 a 1796, el piloto José de Moraleda y Montero, levanta cartas geográficas de Chiloé y Palena, dedicándose a la medición y exploración de los fiordos y del río Aisén, tarea que dura hasta 1793.
En 1831, Fitz-Roy inicia, con Charles Darwin, a bordo de las naves "Adventure" y " Beagle" una aventura científica, que habría de durar 5 años, recorriendo completamente las costas de la Trapananda. Las cartas y mapas realizadas por los dos científicos, quedaron como base fundamental de la cartografía austral.
Entre 1870 a 1872, el comandante de la Marina Chilena Don Enrique Simpson Baeza, llega al sector Alto Baguales, lugar donde comienzan las llanuras patagónicas, deduciendo que por ahí se podría llegar a la costa atlántica.
En 1888, el capitán Adolfo Rodríguez, reconoce el estero Baker, y entre 1892 a 1902 se realizan las más importantes expediciones científicas y de descubrimiento organizadas por el gobierno chileno en el interior del sector, a cargo del científico alemán Hans Steffen logrando identificar el curso de la mayoría de los ríos patagónicos que desembocan en el Pacífico, entre ellos el Puelo, Manso, Cisnes, Aisén, Huemules y Baker, además de sus ramificaciones interiores.
Acompañó en 1902 al árbitro inglés Holdich, mientras hizo los peritajes limítrofes entre Chile y Argentina, en representación de los intereses chilenos.
Durante varias décadas el ingeniero agrónomo alemán Augusto Grosse Ickler realizó numerosas exploraciones en la provincia de Aisén buscando rutas internas y campos colonizables.